โรงเรียนจัดการเรียนการสอนโดยบูรณาการหลักสูตรของโรงเรียนหลากหลาย อันประกอบขึ้นด้วยแผนการสอน 4 อย่าง โดยมีหลักสูตรพระพุทธศาสนา “หลักสูตรโรงเรียนปณิธาน ๓ พุทธทาสภิกขุ” เป็นแกนกลาง หลักสูตรของโรงเรียนมีดังนี้
แผนการสอนตามหลักสูตรปฐมวัย
แผนการสอนตามหลักสูตรปฐมวัย พุทธศักราช 2560 ของกระทรวงศึกษาธิการ ส่งเสริมพัฒนาการทางด้านร่างกาย อารมณ์ จิตใจ สังคมและสติปัญญา โดยใช้กิจกรรม 6 เป็นหลัก
แผนการสอนสัตย์สงวนอนุสรณ์
แผนการสอนสัตย์สงวนอนุสรณ์ในวิชาคณิตศาสตร์ ภาษาไทย และพัฒนาความคิด โดยยึดหลักการเรียนรู้ด้วยการปฏิบัติจริง เรียนรู้ผ่านการเล่น มีวิธีการสอนสนุก เป็นสุข และประสบความสำเร็จ ใช้สื่อหลากหลายจากรูปธรรมเป็นนามธรรม โดยยึดผู้เรียนเป็นสำคัญ ใช้เวลาในการเรียนน้อย แต่ได้ผลสำเร็จมาก
แผนการสอนตามหลักสูตรโรงเรียนปณิธาน ๓ พุทธทาสภิกขุ
แผนการสอนตามหลักสูตรโรงเรียนปณิธาน ๓ พุทธทาสภิกขุ ส่งเสริมจิตวิญญาณความเป็นมนุษย์ที่สมบูรณ์ บูรณาการอยู่ในทุกช่วงในการใช้ชีวิตในโรงเรียน ทุกอิริยาบท และทุกกิจกรรม
หลักสูตร Extra English
หลักสูตร Extra English สอนโดยครูชาวต่างชาติผู้เชี่ยวชาญ เรียนภาษาอังกฤษกับเจ้าของภาษาเพิ่มเติมจากหลักสูตรปกติ กิจกรรมเสริมการฝึกทักษะภาษาอังกฤษกับเจ้าของภาษาสัปดาห์และสามวัน ฝึกการใช้ภาษาผ่านการทำกิจกรรมต่างๆ เสริมสร้างพื้นฐานทางภาษาที่ดีและเจตคติที่ดีต่อการเรียนภาษาอังกฤษ
